Está en la naturaleza del html que su contenido se ajuste a las medidas del navegador, reposicionando el contenido automáticamente y generando scrolls cuando éste supera unas medidas mínimas. Un swf, por el contrario, simplemente es un objeto embebido en un html con unas dimensiones y una posición fija por defecto. Cualquier comportamiento extra que deba adoptar un swf dentro del navegador para visualizarse correctamente recae sobre el programador.
Desde el punto de vista de Flex, esto no supone un gran problema ya que por defecto el framework está dotado de un sistema que permite crear una interfaz líquida con muy poco esfuerzo. Pero si hablamos de Flash, no existe un mecanismo que nos ayude a adaptar nuestra película a cualquier resolución.